Постановлением Правительства Республики Казахстан от 31 января 1997 г. Алматинская, Целинная и Западно-Казахстанская железные дороги были объединены в республиканское предприятие «Қазақстан темір жолы» (АО «НК «ҚТЖ»). Сегодня АО «НК «ҚТЖ» является крупным транспортно-логистическим оператором, в ведении которого находится железнодорожная, портовая и аэропортовая инфраструктура страны. За 20 лет эксплуатационная длина железнодорожной сети АО «НК «ҚТЖ» увеличилась на 2,5 тыс. км (примерно на 20 %) и превышает 16 тыс. км. В 2008 г. компания приступила к масштабной модернизации технических средств: капитально отремонтировано более 1000 локомотивов, 37,5 тыс. грузовых и 1500 пассажирских вагонов, 4700 км пути. В результате уровень износа локомотивов снизился на 27 %, пассажирских и грузовых вагонов — соответственно на 39 и 27 %, объектов инфраструктуры — на 17 %.

ҚТЖ активно сотрудничает с рядом ведущих глобальных компаний — изготовителей подвижного состава, которые локализовали производство в Казахстане. ҚТЖ стала первой железной дорогой на «пространстве 1520», где внедрена система управления движением поездов по радиоканалу.

Компания реализует масштабные инфраструктурные проекты, в том числе способствующие созданию «Нового Шелкового пути». Успешно развивается транзитный потенциал Казахстана: благодаря модернизации пограничной станции Достык и открытию пограничного перехода Алтынколь объем транзитных перевозок в направлении Китай — Европа достиг 20 млн т. Осуществляются проекты создания транспортно-логистических центров: активно работает ТЛЦ в Астане, в 2017 г. планируется открытие аналогичных площадок в Шымкенте, Актобе и Усть-Каменогорске.